Site Rengi

BilgiliUsta.com | Aradığınız Her Bilginin Adresi.

Malign Plevral Mezotelyomanın Ekzom Dizileme Çalışmaları

  • 30 Mart 2021
  • Malign Plevral Mezotelyomanın Ekzom Dizileme Çalışmaları için yorumlar kapalı
  • 144 kez görüntülendi.

NGS teknolojileri, DNA ve RNA’nın eşi görülmemiş bir süratte dizilenmesine, potansiyel sürücü genlerin ortaya çıkarılmasına ve yeni biyolojik uygulamalar yaratılmasına izin vermiştir. Son on senede, NGS, kanserdeki sürücü genetik değişinimleri tespit etmek ve tümörijenez hakkında yeni bilgiler sağlamak için kullanılmıştır. NGS ile malign plevral mezotelyomayı Millî Prodüktivite Merkezi incelemek için yapılan ilk çalışmada dört hastanın, RNA ekspresyon […]

NGS teknolojileri, DNA ve RNA’nın eşi görülmemiş bir süratte dizilenmesine, potansiyel sürücü genlerin ortaya çıkarılmasına ve yeni biyolojik uygulamalar yaratılmasına izin vermiştir. Son on senede, NGS, kanserdeki sürücü genetik değişinimleri tespit etmek ve tümörijenez hakkında yeni bilgiler sağlamak için kullanılmıştır. NGS ile malign plevral mezotelyomayı Millî Prodüktivite Merkezi incelemek için yapılan ilk çalışmada dört hastanın, RNA ekspresyon seviyelerini ve değişinimlerini karakterize etmek için shotgun pyrosequencing kullanılmış ve dört transkriptomda birkaç değişik değişinim bulunmuştur. Ek olarak, RNA tertip etme gen delesyonları ve gen susturma tanımlanmıştır. 2010 senesinde, bir Millî Prodüktivite Merkezi urunun ilk bütün genom dizisi ve eşleşen banal doku, birleşim yoluyla dizileme ve piroz dizileme metodolojilerinin bir kombinasyonu kullanılarak reelleştirilmiştir.
Malign Plevral Mezotelyomanın Ekzom Dizileme ÇalışmalarıBu çalışma, bu urdaki anöploidi ve kromozomal yine tertip etmelerin nokta değişinimlerinden daha fazla olduğunu gösterir. Dipeptidil peptidaz eşi 10 DPP10 genindeki büyük bir silme, karşılık gelen transkriptin ekspresyonunu değiştirerek 53 ek Millî Prodüktivite Merkezi urunda daha da incelenmiştir. İfade eden hastalar DPP10 beceriksiz hastalar ile karşılaştırıldığında istatistiksel olarak daha uzun sağkalım DPP10 ekspresyonu gözlemlenmiştir. 2016 senesinde Bueno ve takımı, Millî Prodüktivite Merkezi’nin mutasyonel manzarasının kapsamlı bir tahlilini yapmışlardır. Doksan dokuz Millî Prodüktivite Merkezi uru bütün ekzom dizileme ile araştırılırken, ek 103 misal kastedilen ekzom dizileme ile karakterize edilmiştir. BAP1, NF2, TP53, SETD2, DDX3X, ULK2, RYR2, CFAP45, SETDB1 ve DDX51’in ehemmiyetli miktarda değişinime uğradığı, SF3B1 ve TRAF7’de yineleyen değişinimler bulunmuştur.
2018 senesinde, Kanser Genom Atlası TCGA programı, ekzom dizileme, kopya rakamı dizileri, mRNA dizileme, kodlamayan RNA profilleme, DNA metilasyonu ve ters faz protein dizileri dâhil olmak üzere 74 ilk Millî Prodüktivite Merkezi misalinin kapsamlı bir moleküler profili çıkarılmıştır. Bu çalışmada ehemmiyetli miktarda değişinime uğramış genler BAP1, NF2, TP53, LATS2 ve SETD2’dir. Ayrıca, bu çalışma yeni bir haploide yakın moleküler Millî Prodüktivite Merkezi alt tipi belirlemişlerdir. TCGA çalışması, Bueno ve TCGA kohortları arasında ehemmiyetli miktarda değişinime uğramış genlerin bir karşılaştırmasını asıllaştırmışlardır. Bu inceleme, her iki çalışmada da sıklıkla değişinime uğrayan beş geni belirlemiştir; BRCA1 ile ilişkili protein-1, nörofibromin 2, ur proteini P53, 2 kapsayan SET alanı, histon lizin metiltransferaz ve SET alan bifürkat histon lizin metiltransferaz 1’dir.

BAP1

BAP1, Millî Prodüktivite Merkezi’de sıklıkla silinen bir bölge olan 21.1. Pozisyonunda kromozom 3’şöhret kısa p kolunda bulunur. Bu gen, hücre döngüsü regülasyonunda, gen transkripsiyonunun modülasyonunda, hücresel değişikleşmede ve DNA onarımında rol alan bir deubikuitinazı kodlardır. BAP1, Millî Prodüktivite Merkezi’deki en yaygın değişinime uğramış genlerden biridir. Germline BAP1 değişinimleri, uveal ve kutanöz melanomu, atipik spitz urlarını, renal hücre karsinomunu ve Millî Prodüktivite Merkezi’yi kapsayan BAP1 ur yatkınlık belirtisinin gelişimi ile ilişkilendirilmiştir. Millî Prodüktivite Merkezi dışındaki tüm bu malignitelerde, BAP1 hariç değişinimler makûs prognozla ilişkilidir. Aksine, bazı çalışmalar, BAP1 değişinimleri taşıyan Millî Prodüktivite Merkezi’li hastaların kaba tip BAP1 hastalarına mukayeseyle daha uzun genel sağkalıma sahip olduğunu göstermiştir.
Bir çalışmada, BAP1 immünohistokimyası, 229 Millî Prodüktivite Merkezi ur kapsayan doku mikrodizi kullanılarak reelleştirilmiştir. Neticeler, nükleer BAP1 boyaması olan hastalarda, BAP1 nükleer boyama kaybının 16,11 aylık daha uzun medyan sağkalımla ilişkili olduğunu göstermiştir. Baumann vd. 23 hastada germ hattı değişinimleri taşıyan Millî Prodüktivite Merkezi’li 23 hastada sağkalımı karşılaştırmıştır. BAP1 Himaye, Epidemiyoloji ve Son Neticeler SEER veritabanından bir hakimiyet grubu Millî Prodüktivite Merkezi hastası ile ve BAP1 değişinimi olan hastalarda uzun vadeli sağkalımda 7 kat çoğalış bulmuşlardır. Millî Prodüktivite Merkezi’deki prevalansı göz önüne alındığında, IHC tarafından nükleer BAP1 ekspresyonunun kaybı, Millî Prodüktivite Merkezi’de tanısal bir göstergeç olarak yaygın olarak kullanılmaktadır.
Son zamanlarda, BAP1 gidişatı ilaç cevabı ile ilişkilendirilmiştir. I in Vitro çalışmalar taşıyan Millî Prodüktivite Merkezi hücre çizgileri gösterirken BAP1 değişinimler, kaba tip hücrelere mukayeseyle, gemsitabin ehemmiyetli miktarda daha az duyarlı kalmıştır. Susturma BAP1 Millî Prodüktivite Merkezi yabani tip hücrelerde ehemmiyetli miktarda bir rolü olduğunu düşündürmektedir. Kumar vd. MS01 sınamasında 60 hastadan alınan Millî Prodüktivite Merkezi urlarında IHC tarafından nükleer BAP1’in varlığını veya yokluğunu inceleme eden retrospektif bir çalışma asıllaştırmıştır. Nükleer BAP1 ekspresyonu, vinorelbin ile rehabilitasyon edilen hastalarda yaşamda kalmada ufak, ancak istatistiksel olarak anlamlı olmayan bir eksilme ile ilişkilendirilmiştir.

NF2

NF2, 12.2 konumundaki kromozom 22’nin uzun q kolunda bulunur ve 22. kromozom kaybı, Millî Prodüktivite Merkezi’de yaygın bir farklılıktır. Bu gen, hücre gelişmesi, adhezyonu ve mikrotübül stabilizasyonunda yer alan anahtar sinyal yollarını tertip eden merlin mozezrin-radiksin eşi protein veya schwannomin olarak öğrenilen bir proteini kodlardır. Germ hattı değişinim ya da kromozomal silme NF2 kraniyal ve periferik asap urları hem de menenjiyom ve ependimoma ile ilişkilidir. NF2’deki germ hattı değişinimleri de Millî Prodüktivite Merkezi ile ilişkilendirilmiştir, ancak hem nörofibromatozis tip 2 belirtili hem de Millî Prodüktivite Merkezi’li hastalar oldukça enderdir. Son çalışmalar, NF2 değişinimlerinin Millî Prodüktivite Merkezi’nin % 14-19’unda alana geldiğini göstermiştir. Ek olarak, karyotip veya FISH tahlilleri, % 56 Millî Prodüktivite Merkezi’lerin 22q kromozom kaybı gösterdiğini göstermiştir. 22q delesyonları, epiteloid olmayan Millî Prodüktivite Merkezi’den daha sık olarak epiteloid ile ilişkilidir.
2009 senesinde yapılan bir çalışma önersinde NF2 upstream tertip ediciler ile inaktive edilebilir Millî Prodüktivite Merkezi urlar burada bir NF2 sapmaları tespit edilebilir. 204 Millî Prodüktivite Merkezi hastası üzerinde yapılan bir araştırmada, düşük sitoplazmik merlin ekspresyonunun daha kısa rekürens aralığını ve daha kısa genel sağkalımı öngördüğü bulunmuştur. Lopez-Lago vd. Millî Prodüktivite Merkezi hücre hatlarında merlin kaybı ve mTORC1 aktivasyonu arasındaki ilişkiyi incelemiş ve merlin olumsuz veya merlin tükenmiş hücre hatlarının rapamisinin gelişmeyi inhibe edici tesirine daha duyarlı olduğunu bulmuşlardır. 2014 senesinde, düşük merlin ekspresyonunun Millî Prodüktivite Merkezi hücre hatlarının FAK inhibitörü VS-471’e çoğalan duyarlılığı ile ilişkili olduğu bulunmuştur. Bununla beraber, muayenehane çalışmalarda, FAK inhibitörü defaktinib, Millî Prodüktivite Merkezi’li hastalarda birinci basamak kemoterapiden sonra progresyonsuz veya genel sağkalımı iyileştirmemiştir.

TP53

17p31.1’de bulunan TP53, transkripsiyonu tertip eden ve DNA zararı varlığında hücre apoptozunu hakimiyet eden bir ur baskılayıcı işlevi olan diziye has bir DNA bağlayıcı protein olan ur proteini p53’ü p53 kodlardır. Genomun gözeticisi olarak adlandırılan p53, hakimiyet noktası hakimiyeti, hücresel ihtiyarlama ve BCL-2 aracılı apoptoz gibi bir hayli hücresel süreçte rol oynar. TP53, genel olarak, kanserler hastalığında en sık değiştirilen gendir. Millî Prodüktivite Merkezi’deki TP53 değişinimlerinin değişik çalışmalarda sıklığı değişkendir, ancak genel olarak öbür katı urlardan çok daha düşüktür.
Malign Plevral Mezotelyomanın Ekzom Dizileme ÇalışmalarıTP53 ehemmiyetli miktarda daha bayanlarda sık değişinime uğramıştır, tam numuneler iki büyük Millî Prodüktivite Merkezi çalışmaları dâhil erkekler 17/169, % 10 Fisher p = 0.044 ile karşılaştırıldığında 10/40, % 25 inceleme edilmiştir. Ayrıca Bueno ve takımı TP53 değişinimi olan Millî Prodüktivite Merkezi hastalarının kaba tip TP53 olanlara göre daha kısa genel sağkalıma sahip olduklarını bildirmişlerdir.

AYAR2

SETD2, 3p21.31 ile eşleşir ve epigenetik mekanizmalar yoluyla transkripsiyonu tertip eden histon H3’şöhret lizin-36’dene has bir histon metiltransferazı kodlardır. İnaktive edici SETD2 değişinimleri çoklu kanserlerde tanımlanmıştır. Özellikle, kastedilen sekanslama, duru hücreli renal hücreli karsinom urlarında SETD2 bi-allelik inaktivasyonunu ortaya çıkarmış ve ilk kere SETD2’nin ur yaradılışına katkıda bulunabileceğini düşündürmüştür. Millî Prodüktivite Merkezi’de, SETD2’deki tek nükleotid değişinimleri ve 3p kayıpları sıklıkla kollanır. Son bir kaç sene içinde, SETD2 farklılıkları, birkaç kanserde DNA’ya hasar veren kemoterapiye mukavemet mekanizmaları ile ilişkilendirilmiştir.

AYARLAR1

SETDB1, Millî Prodüktivite Merkezi’de sıklıkla silinen başka bir bölge olan 1q21’de konumlandırılmıştır ve histon H3’şöhret Lys-9’unu trimetile eden histon-lizin N-metiltransferaz SETDB1’i kodlardır. Bir epigenetik modülatör olarak SETDB1, embriyonik gelişim, adiposit değişikleşmesi ve iltihaplanma gibi muhtelif biyolojik süreçlerde kritik bir role sahiptir. Ayrıca P13K-AKT aksı, p53, STAT1-CCND1 / CDK6 aksı ve gen promoter metilasyonu dahil olmak üzere muhtelif sinyal yollarının tertip edilmesini sağlar.
Kastedilen derin sıralama, Millî Prodüktivite Merkezi’li hastaların % 10’unda somatik SETDB1 değişinimlerini ortaya çıkarmıştır. SETDB1’deki değişinim ile sağkalım arasında anlamlı bir ilişki bulunmamıştır. SETDB1’deki değişinimler, değişik bir kohorttaki Millî Prodüktivite Merkezi’lerin % 3’namda tanımlanmıştır. Hmeljak vd. SETDB1 değişinimlerinin TP53 ile beraber mevcut olduğunu ve Millî Prodüktivite Merkezi’nin % 3’namda yoğun heterozigotluk kaybının olduğunu bulmuşlardır. Bu ender genomik alt tip, bayan ve tanı anında daha genç yaşla ilişkili olduğu bulunmuştur.

LATS2

13q12.11’de bulunan LATS2, hücre döngüsü regülasyonu, hücre motilitesi ve değişikleşmesi gibi geniş bir program dizisinde yer alan bir serin / treonin kinazı kodlardır. Kopya numarası farklılığı veya değişinim yoluyla LATS2 kaybı, Millî Prodüktivite Merkezi’de yanı gizeme birkaç değişik kanser tipine belirlenmiştir. 266 Millî Prodüktivite Merkezi misalinden oluşan bir kohortta, LATS2’de değişinimler, epiteloid olmayan misallere mukayeseyle epiteloidde daha düşük sıklıkta olmak üzere misallerin % 5’inde kollanmıştır. Ek olarak, LATS2 değişinimleri asbest maruziyeti olmayan hastalarda maruz kalanlara göre daha sıktır. Millî Prodüktivite Merkezi yeni moleküler alt grubu tespit edilen öbür bir çalışma, bir ko-alana gelen değişinim ile karakterize LATS2 ve NF2’dir. Bu alt gruptaki Millî Prodüktivite Merkezi hastalarının prognozu, genel olarak kohortla karşılaştırıldığında makûstur.
Birkaç araştırma, LATS2’yi Hippo yollarında yer alan kopyalama tertip edicisine YAP bağlanmıştır. Mizuno vd. LATS2’nin inaktivasyonunun YAP aşın ekspresyonuna yol açtığını, bu da devrildiğinde hücre hareketliliğini ve in vitro invazyonu inhibe ettiğini bulmuşlardır. Başka bir çalışma, LATS2’nin mezotelyomada YAP etkinliğini baskılayan AJUBA’nın anahtar bağlayıcı ortağı olduğunu göstermiştir.

DDX3X

DDX3X, Xp11.4 üzerinde bulunur ve DNA veya RNA tarafından uyarılan RNA’dan bağımsız ATPaz etkinliğine sahip ATP’ye bağımlı bir RNA helikazı kodlardır. DDX3X, tercüme, transkripsiyonun tertip edilmesi, pre-mRNA splicing ve mRNA aktarımı dâhil olmak üzere hem sitoplazmik hem de nükleer işlevlere sahiptir. İşlevleri karışık ve muhteliftir: DDX3X, bazen tek bir kanser cinsi bağlamında, hem bir onkojen hem de bir ur baskılayıcı olarak kabul edilmiştir. COSMIC bilgi tabanının bir tahlili, DDX3’teki genetik anormalliklerin % 12’sinin ur baskılayıcılar için tipik olduğunu, % 81’inin ise işlev kazanımı için daha tipik olduğunu bulmuştur.

Malign Plevral Mezotelyomanın Ekzom Dizileme ÇalışmalarıRYR2

RYR2 1q43’te bulunur ve kalp adalesinde yüksek oranda eksprese edilen ancak aynı zamanda düz adalede ve asap sisteminde bulunan kalsiyum kanallarının ryanodin reseptör ailesinin bir azasının kodlarıdır. RyR2 aracılığıyla sarkoplazmik retikulumdan sitoplazmaya kalsiyum salınımı miyositlerde kasılmayı tetiklerken, beyinde bilme ve hafıza ile alakalı işlevlere takviyeci olur. Değişinimler karşın RyR2’yi öbür kanserler bildirilmiş olmasına, RyR2’yi Millî Prodüktivite Merkezi’de değişinimler yalnızca bir çalışmada tespit edilmiştir.

ULK2

Bir Atg1 homologu ve klasikte otofagozomların çeperinde lokalize olan ve özellikle yiyecek yoksunluğu veya mTOR inhibisyonunda otofajide anahtar rol oynayan bir Atg1 homologu ve serin / treonin kinazı kodlardır. ULK2, astrositom ve kolorektal kanser gelişimi ile iletişimlidir ve Millî Prodüktivite Merkezi’de ender ULK2 değişinimleri tanımlanmıştır. Millî Prodüktivite Merkezi’nin sferoid modellerinde, otofaji ULK1 / 2 inhibitörü MRT 68921 tarafından zaferle inhibe edilmiştir.

DDX51

DDX51, 12q24.33’te bulunur ve 28S rRNA’nın 3 ′ ucunun yaradılışı için lüzumlu bir ribozom birleşim etkenidir. DDX51’in anormal işlevi NSCLC, lösemi ve meme kanseri ile ilişkilendirilmiş ve Millî Prodüktivite Merkezi’de az rakamda DDX51 değişinimi bulunmuştur.

Bibliyografi:
ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4336947/
sciencedirect.com/science/article/pii/S1556086416304956

Yazar: Özlem Güvenç Ağaoğlu

ZİYARETÇİ YORUMLARI

Henüz yorum yapılmamış. İlk yorumu aşağıdaki form aracılığıyla siz yapabilirsiniz.

BİR YORUM YAZ